Hlavním cílem modernizace stanice je zamezení průsaků či tečí do konstrukce stanice metra a její úprava dle současných předpisů, zejména požárních. Z důvodu co nejrychlejšího znovuotevření stanice pro veřejnost byla rekonstrukce navržena do tří etap, z nichž první a poslední etapa probíhala a probíhá za provozu. Pouze v době realizace hlavní etapy byla stanice veřejnosti uzavřena.

Počáteční nultá etapa trvala dva měsíce a probíhala za plného provozu stanice. Většina prací probíhala v nočních směnách v době zavření stanice pro veřejnost. Tato etapa sloužila hlavně pro přípravné práce před úplným uzavřením stanice. Hlavními činnostmi bylo vybudování zařízení staveniště, postupné zakrývání dlažby stanice a přípravné práce v neveřejné části.

Na počátku roku 2017 byla zahájena hlavní, první etapa, při které byl veřejnosti přístup do stanice na sedm měsíců plně uzavřen, a práce se tedy mohly rozběhnout naplno, jak v místě nástupiště, tak i v zázemí stanice. Postupně probíhaly demontáže původních podhledů a ostění, následovaly demontáže zontů a nosného systému. Po odkrytí betonového a z části litinového ostění byly ve velkém prováděny sanační práce, injektáže ostění a tmelení spár. Po dokončení injektáží, sanací a provedení přejímek bylo možné zahájit osazování nového nosného sytému zontů a poté samotných nerezových zontů, které nahradily ty původní – laminátové hořlavé.

Průběžně, za osazenými zonty, byly osazovány definitivní lakované podhledy, v kolejištích perforované, v místě nástupiště plné. Specifičností stanice Jinonice jsou skleněné obklady skláře Františka Víznera, které se nachází ve svislých částech stanice. Díky společné snaze všech zúčastněných se tyto obklady podařilo zachránit, a původní vzhled stanice tak zůstal zachován. Skleněné obklady byly pracně demontovány z původních kovových kazet, následně omyty nebo očištěny jemnou chemií, zabudovány do nových nerezových kazet a poté zpět osazovány. Souběžně s těmito pracemi se opravovaly nástupištní hrany, prováděly se keramické obklady sloupů stanice a v zázemí probíhaly práce zajišťující splnění požárních předpisů v podobě instalací nových protipožárních dveří a ve velkém rozsahu také zazdívání pro rozdělení do jednotlivých požárních úseků. Člen sdružení, společnost BREMA v této etapě realizoval práce na nových silových i slaboproudých zařízeních, osazoval nové rozvaděče a instaloval nová světla, sdělovací systémy a automatizovaný systém dálkového řízení.

Od konce srpna 2017 probíhaly ve stanici práce na druhé, poslední etapě. Jednalo se převážně o práce v neveřejných prostorách a za plného provozu stanice.