Odpadní vody z technologické linky úpravny (prací vody z pískových filtrů, z filtrů s aktivním uhlíkem a odpadní vody z chemického hospodářství) jsou dnes odváděny na kalové hospodářství, kde jsou strojně odvodňovány na šnekovém lisu s vynášecím pásem. Odsazená voda je vypouštěna přes retenční nádrž do řeky Chomutovky.

V průběhu stavby byly rekonstruovány dvě kruhové otevřené vyrovnávací nádrže. Byl navýšen jejich objem přibetonováním (2 x 275 m³), byly zastřešeny a zasypány.

Retenční nádrž byla sanována a provozní budova úpravny byla částečně rekonstruována. Byly nainstalovány dvě nové flotační jednotky určené k zahuštění odpadních vod na kal, byl postaven přístavek pro šnekový lis a kontejner včetně jímky pro vápenné kaly. V areálu byly rovněž provedeny související úpravy trubních vedení. Zároveň byly provedeny nové rozvody slabo i silnoproudu včetně systému řízení technických procesů. Nová linka kalového hospodářství je nadimenzována na výhledový stav po druhé etapě rekonstrukce.

Rekonstrukce kalového hospodářství na úpravně vody částečně probíhala za provozu úpravny, kompletní odstávka trvala jen tři měsíce, a to při rekonstrukci kruhových nádrží. Výkon úpravny vody III. Mlýn se v době rekonstrukce snížil až na cca 70 l/s. Vzhledem k souběžné rekonstrukci dvou velkých úpraven vody (Mlýn a Jirkov) byl vzniklý deficit ve výrobě vody pokrýván vyšší produkcí z úpravny vody v Meziboří. Spotřebitelé tak žádný výpadek v dodávkách pitné vody nepocítili.