Vodní hospodářství elektrárny zásobuje vodou provozní soubory včetně věžového chladicího okruhu a zachycuje, upravuje a opětovně využívá kapalné odpady z provozu. SMP CZ realizovala práce na jeho obnově při odstávce dvou bloků a současně za nepřerušeného provozu dalších dvou bloků elektrárny. V čerpacích stanicích chladicí a surové vody se vyměnily veškeré opotřebované části zařízení. V chemické úpravně vody byla vybudována nová záchytná jímka o objemu 100 m³, ve skladu tekutých chemikálií byly opraveny neutralizační a zásobní nádrže. Byla provedena nová bloková úprava kondenzátu s dvoublokovou externí regenerací včetně veškerého příslušenství a potrubí. Změnil se způsob dávkování kyslíku s kapilárním řízením dávky tak, aby bylo možno regulovat dávku kyslíku proporcionálně v závislosti na jeho měření.